A obra prevê a recuperação dos altares de Santa Ana, Nossa Senhora das Dores, Nossa Senhora da Conceição e Santa Quitéria.

 Com a aprovação das candidatura ao QREN, através do Programa Operacional do Norte ON.2 - O Novo Norte, com vista à recuperação de quatro retábulos (altares) da nave da Igreja, e à realização de um estudo de diagnóstico do estado de conservação do Mosteiro, as obras já arrancaram e até quinta-feira a igreja está encerrada. O restauro dos quatro altares, com tratamento da talha, das esculturas, dos vidros e portas, entre outros, estará a cargo das Oficinas Santa Bárbara e prolonga-se até ao próximo mês de Junho. O estudo de diagnóstico prevê o mapeamento das anomalias com ensaios diversos, o levantamento do sistema hidráulico, a monotorização da temperatura e humidade interior, a verificação da estabilidade da Igreja e da cobertura, a realização de sondagens geotécnicas, ensaios de vibração ambiental e elaboração das consequentes recomendações. Trata-se de um investimento global de 166 mil euros. A saber que a 6 de Outubro do ano passado, a Câmara Municipal entregou na Comissão Nacional da UNESCO, em Lisboa, a proposta de inscrição deste Mosteiro de S. Miguel de Refojos, na Lista Indicativa do Património da UNESCO, confirmada, no passado dia 30 de Janeiro, através da submissão desta candidatura na plataforma da UNESCO.Recorde-se que a Câmara Municipal, com a colaboração da Paróquia e da Direção Regional da Cultura do Norte, tem efetuado ao longo dos últimos anos intervenções de restauro e conservação, quer do edificado quer do seu espólio.São exemplos a recuperação de telas, espelhos, órgão de tubos, telhados ou a instalação de um núcleo museológico de arte sacra na antiga sacristia e antessacristia.